Sinh tại Caracas, Venezuela trong một gia đình Do Thái Sephardic[2]: cha ông sinh ở vùng Maroc do Tây Ban Nha bảo hộ (thành phố Tetuan) còn mẹ ông sinh tại Algérie.

Gia đình Benacerraf từ Venezuela di chuyển sang Paris năm 1925. Sau khi trở về Venezuela, ông di cư sang Hoa Kỳ năm 1940. Ông đậu bằng cử nhân khoa học ở Columbia University School of General Studies. Sau đó ông đậu bằng bác sĩ y khoa ở Medical College of Virginia – trường duy nhất thâu nhận ông vào học.

Sau thời gian làm bác sĩ nội trú và phục vụ trong Quân đội Hoa Kỳ (1945–1948), rồi làm việc trong bệnh viện quân y ở Nancy (Pháp), ông trở thành nhà nghiên cứu ở Columbia University College of Physicians and Surgeons (Trường thầy thuốc và nhà giải phẫu Đại học Columbia) (1948–1950). Từ năm 1950–1996, ông sang nghiên cứu ở Paris, từ năm 1956–1968 trở về làm việc ở Đại học New York, từ 1968–1970 làm việc ở National Institutes of Health[3], rồi Đại học Harvard (1970–1991), đồng thời làm việc ở "Viện Ung thư Dana-Farber Cancer", Boston (1980). Ông bắt đầu nghiên cứu các chứng dị ứng từ năm 1948, và trong thập niên 1960 ông phát hiện ra là các gien Ir chi phối việc đẩy cơ quan cấy ghép ra (transplant rejection).